Archive for August, 2017

Workshop Metagenomic and 16S rRNA based analysis of bacterial community using High-throughput Sequencing

Metagenomic merupakan salah satu cara untu mengeksplor potensi hayati yang dimiliki oleh unculturable microorganism, tanpa harus menumbuhkan satu demi satu. Pada awalnya metagenomic dengan membuat library yaitu memecah genom dari lingkungan (enviromental DNA), melakukan kloning dan mentransformnya ke dalam host bacteria, seperti E.coli kemudian melakukan screening melalui sequencing  dan seterusnya. Metode ini memerlukan banyak waktu dan tenaga, akan tetapi seiring perkembangan teknologi kita dapat men-skrip tahap kloning langsung ke random sequencing dengan menggunakan Next-Generation Sequencing (NGS).

Gen 16S rRNA digunakan sebagai standar untuk klasifikasi dan identifikasi mikroba, karena terdapat pada sebagian besar mikroba dan menunjukkan perubahan yang tepat.

Informasi genetik pada makhluk hidup tersimpan pada DNA Sequencing, yaitu metode yang digunakan untuk menentukan urutan basa nukleotida (adenine, guanine, cytosine dan thymine) pada molekul DNA. Saat ini teknik DNA sequencing sudah memasuki tahap baru mengarah pada large scale atau high-throughput sequencing, jutaan bahkan miliaran basa nukleotida DNA dapat ditentukan urutannya dalam sekali run.

DNA sequencing menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reactin) sebagai pijakannya. DNA yang akan ditentukan basa ACGTnya dijadikan sebagai cetakan (template) untuk kemudian diamplifikasi menggunakan enzim dan bahan yang mirip dengan reaksi PCR.

Teknik DNA Sequencing berbasis fragment analysis tidak hanya digunakan untuk menentukan urutan basa DNA semata tapi bisa dikembangkan untuk berbagai aplikasi. Banyaknya aplikasi DNA Sequensing kapiler ini menunjukkan bahwa metode ini tergolong lambat setelah ditemukannya high-throughput sequensing, akan tetapi jadi andalan para life-scientist.

Selasa-Rabu, 8-9 Agustus 2017 bertempat di ICT Center Lantai 5 Universitas Diponegoro Semarang. Laboratorium Bakteriologi UPT Laboratorium Terpadu Universitas Diponegoro Semarang mengadakan kegiatan Workshop Metagenomic and 16S rRNA based analysis of bacterial community using High-throughput Sequencing. Workshop ini dibuka oleh Prof.Ir.Ambariyanto, M.Sc.,Ph.D sebagai Kepala UPT Laboratorium Terpadu dan Dr.rer.nat.Anto Budiharjo,S.Si.,M.Biotech sebagai ketua Laboratorium Bakteriologi. Narasumber workshop ini adalah Wirulda Pootakham, Ph.D Genome Research Laboratorium National Center for Genetic Engineering and Biotechnologi (BIOTEC) Thailand dan Wuttichai Mhuantong Data Scientist Enzyme Technology Laboratory National Center for Genetic Engineering and Biotechnologi (BIOTEC) Thailand.

World Class Professor Program Workshop on Sediment Transport and Morphologic Process

Pesisir merupakan daerah pertemuan antara daratan dan lautan. Arah darat meliputi bagian daratan baik kering maupun terendam air, sedangkan ke arah laut meliputi bagian laut yang masih dipengaruhi oleh proses seperti sedimentasi dan aliran air tawar.

Dinamika oseanografi yang terjadi dapat mempengaruhi morfologi daerah pesisir. Permasalahan yang sering ditemui adalah erosi, sedimentasi dan banjir ROB. Berbagai kompleksitas permasalahan yang ada seperti penurunan muka tanah daerah pesisir, kenaikan muka air laut, pencemaran air laut dan lain sebagainya. Maka penting untuk mengetahui proses mengenai pengetahuan dasar penanganan bencana dan rehabilitasi daerah pesisir.

Berdasar hal tersebut Pusat Unggulan IPTEK – Pusat Kajian Mitigasi Bencana dan Rehabilitasi Pesisir Universitas Diponegoro mengadakan World Class Professor Program Workshop on Sediment Transport and Morphologic Process. Kegiatan ini diselenggarakan pada hari rabu kamis tanggal 2 dan 3 Agustus 2017 di UPT Laboratorium Terpadu Universitas Dionegoro Semarang dengan peserta dari PSSAT Universitas Gajah Mada, PSTMB Universitas Syiah Kuala dan PKMBRP Universitas Diponegoro.

Tujuan diselenggarakan workshop ini untuk meningkatkan pemahaman dan kemampuan teknis peneliti pada bidang sediment transport and morphologic process. Narasumber workshop ini Prof.Herman M. Fritz (School of Civil and Environmental Engineerig Georgia Institute of Technology Atlanta , Dr.phil.Hermin Indah Wahyuni (Ketua Konsorsium PUI PSSAT Universitas Gajah Mada Yogyakarta), Dr. Muksin,S.Si.,M.Si.,M.Phil (PUI TDMRC Universitas Syiah Kuala Banda Aceh) dan Dr.Muhammad Helmi,S.Si.,M.Si (Ketua CoREM Universitas Diponegoro Semarang) sedangkan peserta dari PSSAT Universitas Gajah Mada Yogyakarta, PSTMB Universitas Syiah Kuala Banda Aceh dan PKMBRP Universitas Diponegoro Semarang.

 

UPT Laboratorium Terpadu, Universitas DIPONEGORO Jl. Prof. Soedarto, SH-Tembalang, Semarang 50239 INDONESIA EMAIL : labterpadu@live.undip.ac.id