Workshop Metagenomic and 16S rRNA based analysis of bacterial community using High-throughput Sequencing

Metagenomic merupakan salah satu cara untu mengeksplor potensi hayati yang dimiliki oleh unculturable microorganism, tanpa harus menumbuhkan satu demi satu. Pada awalnya metagenomic dengan membuat library yaitu memecah genom dari lingkungan (enviromental DNA), melakukan kloning dan mentransformnya ke dalam host bacteria, seperti E.coli kemudian melakukan screening melalui sequencing  dan seterusnya. Metode ini memerlukan banyak waktu dan tenaga, akan tetapi seiring perkembangan teknologi kita dapat men-skrip tahap kloning langsung ke random sequencing dengan menggunakan Next-Generation Sequencing (NGS).

Gen 16S rRNA digunakan sebagai standar untuk klasifikasi dan identifikasi mikroba, karena terdapat pada sebagian besar mikroba dan menunjukkan perubahan yang tepat.

Informasi genetik pada makhluk hidup tersimpan pada DNA Sequencing, yaitu metode yang digunakan untuk menentukan urutan basa nukleotida (adenine, guanine, cytosine dan thymine) pada molekul DNA. Saat ini teknik DNA sequencing sudah memasuki tahap baru mengarah pada large scale atau high-throughput sequencing, jutaan bahkan miliaran basa nukleotida DNA dapat ditentukan urutannya dalam sekali run.

DNA sequencing menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reactin) sebagai pijakannya. DNA yang akan ditentukan basa ACGTnya dijadikan sebagai cetakan (template) untuk kemudian diamplifikasi menggunakan enzim dan bahan yang mirip dengan reaksi PCR.

Teknik DNA Sequencing berbasis fragment analysis tidak hanya digunakan untuk menentukan urutan basa DNA semata tapi bisa dikembangkan untuk berbagai aplikasi. Banyaknya aplikasi DNA Sequensing kapiler ini menunjukkan bahwa metode ini tergolong lambat setelah ditemukannya high-throughput sequensing, akan tetapi jadi andalan para life-scientist.

Selasa-Rabu, 8-9 Agustus 2017 bertempat di ICT Center Lantai 5 Universitas Diponegoro Semarang. Laboratorium Bakteriologi UPT Laboratorium Terpadu Universitas Diponegoro Semarang mengadakan kegiatan Workshop Metagenomic and 16S rRNA based analysis of bacterial community using High-throughput Sequencing. Workshop ini dibuka oleh Prof.Ir.Ambariyanto, M.Sc.,Ph.D sebagai Kepala UPT Laboratorium Terpadu dan Dr.rer.nat.Anto Budiharjo,S.Si.,M.Biotech sebagai ketua Laboratorium Bakteriologi. Narasumber workshop ini adalah Wirulda Pootakham, Ph.D Genome Research Laboratorium National Center for Genetic Engineering and Biotechnologi (BIOTEC) Thailand dan Wuttichai Mhuantong Data Scientist Enzyme Technology Laboratory National Center for Genetic Engineering and Biotechnologi (BIOTEC) Thailand.

Both comments and pings are currently closed.

Comments are closed.

UPT Laboratorium Terpadu, Universitas DIPONEGORO Jl. Prof. Soedarto, SH-Tembalang, Semarang 50239 INDONESIA EMAIL : labterpadu@live.undip.ac.id