Real time PCR adalah teknik yang digunakan untuk memonitor progress reaksi PCR pada waktu yang sama. Prinsip kerjanya didasarkan pada deteksi fluoresensi yang diproduksi oleh molekul yang meningkat sejalan dengan berlangsungnya proses PCR. Hal ini terjadi karena akumulasi produk PCR pada tiap siklus amplifikasi.

Analisis menggunakan Real time PCR memiliki sensitivitas tinggi dan lebih spesifik untuk produk PCR tertentu. Real Time PCR juga meliputi Real Time-RT PCR dimana PCR dilakukan secara Real Time menggunakan enzim Reverse Transcriptase secara langsung pada waktu bersamaan. Komponen utama Real Time PCR adalah thermal cycler (mesin PCR),  optical modul (pendeteksi fluoresensi selama reaksi) dan komputer (membaca dan memindahkan data fluoresensi ke layar monitor, serta dapat disimpan dalam berkas). Kegunaan Real Time PCR antara lain menentukan jumlah salinan suatu gen, menentukan jumlah gen yang diekspresikan, menentukan jumlah patogen, menentukan adanya infeksi virus dan menganalisis adanya mutasi.

Pada hari rabu –  kamis tanggal  30 – 31 Agustus 2017 Laboratorium Mikrobiologi UPT Laboratorium Terpadu Universitas Diponegoro melaksanakan kegiatan Pelatihan Real Time PCR (qPCR). Kegiatan tersebut bertempat di Laboratorium Mikrobiologi  UPT Laboratorium Terpadu Universitas Diponegoro Semarang dengan peserta dari Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit Salatiga. Trainer pada kegiatan ini Dr.Rejeki Siti Ferniah,S.Si.,M.Si dan Dr.rer.nat.Anto Budiharjo,S.Si.,M.Biotech

Perkembangan dan kemajuan penelitian di bidang ekologi dan genetik terjadi sangat cepat. Hal itu merupakan salah satu hal positif bagi perkembangan penelitian di indonesia khususnya penelitian keanekaragaman hayati laut indonesia. Sejalan dengan hal itu, kemampuan sumber daya manusia dan teknologi perlu dikembangkan, terutama dalam hal menginterpretasi dan menggunakan data penelitian.

Berbagai program dipakai untuk menganalisis data, salah satunya adalah program R. Program R merupakan salah satu program berbasis statistik yang dapat dipergunakan untuk menganalisis data  secara umum, disamping itu program R dapat memvisualisasi data sehingga memudahkan kita untuk menginterpretasi data. Program R merupakan program yang dapat diakses oleh umum secara gratis. Program ini telah banyak digunakan untuk menganalisis data keanekaragaman hayati terutama keaneka ragaman hayati laut. Pada kegiatan ini peserta diperkenalkan konsep dasar Next-generation Sequencing  yaitu salah satu teknik sequencing yang sedang berkembang digunakan untuk men sequence lebih dari satu DNA dalam waktu bersamaan.

Pada tanggal 28, 29, 30 Agustus 2017 Laboratorium Biodiversity Project UPT Laboratorium Terpadu Universitas Diponegoro menyelenggarakan Workshop Data Analysis Program R dan Pengenalan Konsep Dasar Next-Generation Sequencing yang bertempat di Ruang Seminar dan laboratorium Biodiversity Project UPT Laboratorium Terpadu Universitas Diponegoro Semarang dengan peserta dari Mahasiswa Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan UNDIP, Mahasiswa DMSDP UNDIP, Dosen Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan UNDIP,Tenaga Kependidikan UPT Laboratorium Terpadu dan Yayasan BIONESIA.

Narasumber workshop ini Aji Wahyu Anggor.S.Kel.,M.Sc (UCLA) dan Ni Kadek Dita Cahyani,S.Si.,M.Si (UCLA).

Metagenomic merupakan salah satu cara untu mengeksplor potensi hayati yang dimiliki oleh unculturable microorganism, tanpa harus menumbuhkan satu demi satu. Pada awalnya metagenomic dengan membuat library yaitu memecah genom dari lingkungan (enviromental DNA), melakukan kloning dan mentransformnya ke dalam host bacteria, seperti E.coli kemudian melakukan screening melalui sequencing  dan seterusnya. Metode ini memerlukan banyak waktu dan tenaga, akan tetapi seiring perkembangan teknologi kita dapat men-skrip tahap kloning langsung ke random sequencing dengan menggunakan Next-Generation Sequencing (NGS).

Gen 16S rRNA digunakan sebagai standar untuk klasifikasi dan identifikasi mikroba, karena terdapat pada sebagian besar mikroba dan menunjukkan perubahan yang tepat.

Informasi genetik pada makhluk hidup tersimpan pada DNA Sequencing, yaitu metode yang digunakan untuk menentukan urutan basa nukleotida (adenine, guanine, cytosine dan thymine) pada molekul DNA. Saat ini teknik DNA sequencing sudah memasuki tahap baru mengarah pada large scale atau high-throughput sequencing, jutaan bahkan miliaran basa nukleotida DNA dapat ditentukan urutannya dalam sekali run.

DNA sequencing menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reactin) sebagai pijakannya. DNA yang akan ditentukan basa ACGTnya dijadikan sebagai cetakan (template) untuk kemudian diamplifikasi menggunakan enzim dan bahan yang mirip dengan reaksi PCR.

Teknik DNA Sequencing berbasis fragment analysis tidak hanya digunakan untuk menentukan urutan basa DNA semata tapi bisa dikembangkan untuk berbagai aplikasi. Banyaknya aplikasi DNA Sequensing kapiler ini menunjukkan bahwa metode ini tergolong lambat setelah ditemukannya high-throughput sequensing, akan tetapi jadi andalan para life-scientist.

Selasa-Rabu, 8-9 Agustus 2017 bertempat di ICT Center Lantai 5 Universitas Diponegoro Semarang. Laboratorium Bakteriologi UPT Laboratorium Terpadu Universitas Diponegoro Semarang mengadakan kegiatan Workshop Metagenomic and 16S rRNA based analysis of bacterial community using High-throughput Sequencing. Workshop ini dibuka oleh Prof.Ir.Ambariyanto, M.Sc.,Ph.D sebagai Kepala UPT Laboratorium Terpadu dan Dr.rer.nat.Anto Budiharjo,S.Si.,M.Biotech sebagai ketua Laboratorium Bakteriologi. Narasumber workshop ini adalah Wirulda Pootakham, Ph.D Genome Research Laboratorium National Center for Genetic Engineering and Biotechnologi (BIOTEC) Thailand dan Wuttichai Mhuantong Data Scientist Enzyme Technology Laboratory National Center for Genetic Engineering and Biotechnologi (BIOTEC) Thailand.

Pesisir merupakan daerah pertemuan antara daratan dan lautan. Arah darat meliputi bagian daratan baik kering maupun terendam air, sedangkan ke arah laut meliputi bagian laut yang masih dipengaruhi oleh proses seperti sedimentasi dan aliran air tawar.

Dinamika oseanografi yang terjadi dapat mempengaruhi morfologi daerah pesisir. Permasalahan yang sering ditemui adalah erosi, sedimentasi dan banjir ROB. Berbagai kompleksitas permasalahan yang ada seperti penurunan muka tanah daerah pesisir, kenaikan muka air laut, pencemaran air laut dan lain sebagainya. Maka penting untuk mengetahui proses mengenai pengetahuan dasar penanganan bencana dan rehabilitasi daerah pesisir.

Berdasar hal tersebut Pusat Unggulan IPTEK – Pusat Kajian Mitigasi Bencana dan Rehabilitasi Pesisir Universitas Diponegoro mengadakan World Class Professor Program Workshop on Sediment Transport and Morphologic Process. Kegiatan ini diselenggarakan pada hari rabu kamis tanggal 2 dan 3 Agustus 2017 di UPT Laboratorium Terpadu Universitas Dionegoro Semarang dengan peserta dari PSSAT Universitas Gajah Mada, PSTMB Universitas Syiah Kuala dan PKMBRP Universitas Diponegoro.

Tujuan diselenggarakan workshop ini untuk meningkatkan pemahaman dan kemampuan teknis peneliti pada bidang sediment transport and morphologic process. Narasumber workshop ini Prof.Herman M. Fritz (School of Civil and Environmental Engineerig Georgia Institute of Technology Atlanta , Dr.phil.Hermin Indah Wahyuni (Ketua Konsorsium PUI PSSAT Universitas Gajah Mada Yogyakarta), Dr. Muksin,S.Si.,M.Si.,M.Phil (PUI TDMRC Universitas Syiah Kuala Banda Aceh) dan Dr.Muhammad Helmi,S.Si.,M.Si (Ketua CoREM Universitas Diponegoro Semarang) sedangkan peserta dari PSSAT Universitas Gajah Mada Yogyakarta, PSTMB Universitas Syiah Kuala Banda Aceh dan PKMBRP Universitas Diponegoro Semarang.

Semarang, 24 – 25 Juli 2017 PUI-PKMBRP Universitas Diponegoro bekerjasama dengan Departemen Oseanografi Undip dan Delft University of Technology (TU-Delft, Netherlands) mengadakan Workshop on coastal wetland, the connection between land and water and their use in coastal mitigation and rehabilitation yang bertempat di laboratorium Ocean Remote Sensing UPT Laboratorium Terpadu Universitas Diponegoro Semarang.

Kegiatan ini di buka oleh Dr.Muhammad Helmi,S.Si.,M.Si sebagi Ketua PUI-PKMBRP (Pusat Unggulan Iptek – Pusat Kajian Mitigasi Bencana dan Rehabilitasi Pesisir) sekaligus sebagai Ketua Laboratorium Ocean Remote Sensing UPT Laboratorium Terpadu dan Dr.Tita Elfitasari,S.Pi.,M.Sc sebagai Wakil Dekan IV Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Diponegoro, Kegiatan tersebut meliputi penyampaian materi, pengenalan karakteristik, presentasi materi, diskusi dan demonstrasi instrumen hydrodinamika pantai (arus dan gelombang) seperti : ADV, ADCP, OBS, CTD, Wave Gauge dan SED Sensor. Workshop ini diikuti oleh mahasiswa dari program studi oseanografi dan program studi perikanan, Nara sumber dalam workshop ini :

1. Dr.Tjeerd Bouma (NIOZ & Utrecht University, Netherlands)
2. PhD, Celine van Bijsterveldt (NIOZ & Utrecht University, Netherlands)
3. PhD, Alejandra Gijon Mancheno (Delft University of Technology, Netherlands)
4. PhD, Silke Tas (Delft University of Technology, Netherlands)
5. Tom Heuts,M.Sc (Utrecht University, Netherlands)